Next Generation Sequencing (NGS)

Nel gennaio 2017 è stata installata la nuova strumentazione NextSeq500 per il sequenziamento massivo parallelo Next Generation Sequencing (NGS), una tecnologia innovativa e altamente versatile, che permette il sequenziamento di DNA e RNA ad elevate prestazioni.

Illumina NextSeq500 ha una produttività massima di 120 Gb e permette di sequenziare contemporaneamente fino a 800 milioni di sequenze di acidi nucleici per ciascuna run, impiegando un tempo medio di 24ore.

Il CIRC dispone inoltre dal 2012 di una piattaforma Illumina HiScanSQ.

il Centro è dotato di un server per l'analisi dei dati. Il parco hardware consiste di una memoria di storage di 60TB, 128 GB di RAM e 48 core.

 

Le applicazioni

    • Whole-Exome Sequencing
    • Whole-Transcriptome Sequencing
    • Gene Expression Profiling
    • Small Genome Sequencing (bacteria, virus)
    • ChIP sequencing
    • Methylation Sequencing
    • miRNA & Small RNA Analysis
    • Targeted Gene Sequencing (amplicon/enrichment)
    • Whole-Genome Sequencing (human,plant,animal)

     

      Accesso

      Per usufruire della piattaforma Illumina NextSeq500 è necessario contattare il Centro Interdipartimentale di ricerche sul cancro "Giorgio Prodi"- CIRC via mail circ@unibo.it

      Per informazioni tecniche, contattare la Dott.ssa Annalisa Astolfi: Tel: +39 051 2144464 o +39 051 2144663.  mail: annalisa.astolfi@unibo.it

      Produttività

      Con il termine "produttività" si fa rifimento alla quantità di basi che è possibile sequenziare in una corsa utilizzando una intera flow-cell. Tale valore va letto contestualmente al tempo impiegato e alla lunghezza dei frammenti sequenziati.

      Le tabelle allegate riportano la produttività e il Throughput della piattaforma NextSeq500.

      La produttività si riflette direttamente sul "sequencing depth", ovvero un valore medio che indica il numero di volte che viene sequenziata la stessa coordinata genomica.

      Questo parametro è di fondamentale rilevanza per la succesiva analisi dei dati e risulta essere molto variabile in base al tipo di materiale genetico di partenza e al numero di campioni analizzati contemporanamente sulla stessa flow-cell.