L’attività è stata svolta presso il Centro interdipartimentale di Ricerche sul Cancro “Giorgio Prodi”. L’obiettivo principale dei progetti seguiti è l’identificazione di eventi delle alterazioni molecolari e epigenetiche nei tumori rari, con conseguente correlazione clinica con l’outcome della malattia.
Attività svolta nell’arco dell’anno 2016-2017:
Analisi dell’eterogeneità e della clonalità delle alterazioni acquisite durante la progressione tumorale. Due casi di cui era disponibile il tessuto congelato sia del primitovo che delle metastasi sono stati sequenziato. E’ in corso il sequenziamento dell’esoma in altri 4 pazienti, a partire da DNA estratto da tessuto paraffinato.
Completamento delle analisi dell’esoma di 12 casi di Feocromocitoma. Sottomissione di un lavoro alla rivista Genetics in Medicine.
In collaborazione con l’INT di Milano sono stati analizzati inoltre i seguenti sarcomi rari:
12 casi di Dermatofibrosarcoma Protuberans (DFSP), 5 casi DFSP classici, e 7 casi DFSP con aree fibrosarcomatose, al fine di identificare le differenze molecolari tra le due tipologie di tumore. Identificazione di nuovi trascritti di fusione secondari e variazioni di copy number in relazione all’appartenenza ai due gruppi di DFSP. Stesura e pubblicazione di un lavoro (Mol Cancer Res. 2016 Sep;14(9):820-9).
Identificazione di un nuovo trascritto di fusione (SRF-E2F1) ricorrente in due casi di mioepitelioma. Validazione in PCR e FISH. Implementazione delle tecniche di clonaggio genico, ed espressione del trascritto di fusione SRF-E2F1 in linee immortalizzate. Stesura di un lavoro e sottomissione alla rivista Oncotarget.
Identificazione di un nuovo trascritto di fusione, HSPA8-NR4A3, in un caso di condrosarcoma extrascheletrico (EMC). Validazione in PCR e FISH. Il lavoro è stato accettato come pubblicazione nella rivista Gene Chromosome and Cancer.
Sequenziamento dell’esoma di 12 casi di Desmoidi. Analisi delle mutazioni in corso rilevate in corso.
Piano attività anno successivo:
Mettere a punto il sequenziamento massivo del RNA a partire da tessuto paraffinato
Analisi e validazione dei profili di metilazione caratteristici dei GIST
Analizzare le alterazioni acquisite durante la progressione tumorale tra il tumore primitivo e le sue metastasi in casi GIST.
Completare le analisi del sequenziamento massivo dei casi di Desmoidi in collaborazione con l’ INT di Milano. Disegno di un pannello custom per ricercare mutazioni a bassa frequenza del gene CTNNB1 nei Desmoidi WT.
Analisi del profilo di espressione differenziale tra i casi EMCS EWSR1-NR4A3 positivi rispetto a quelli TAF15-NR4A3